Otonom sinir sistemi, aynı zamanda istemsiz, vegetatif ve visseral sinir sistemi olarak ta tanımlanır. Fizyolojik bakımdan otonom sinir sistemi dual işlevlere sahip olan bir sistemdir. Bu sistem 2 kısımdan oluşur. Bunlar parasempatik ve sempatik sinir sistemidir. Bu sistemlerin dışında nonkolinerjik nonadrenerjik sinir sistemi adında 3. bir sistemden de söz edilmektedir. Bu mide bağırsak hormonlarıyla beraber mide bağırsak kanalının motor, salgı ve absorbsiyon faaliyetlerini sürdürmesinden sorumlu olur. Parasempatik sistem kolinerjik fonksiyonlara sahiptir. Sistemin organlar üzerindeki etkisi ise, asetilkolinin noröefektör hücresel sekresyonuyla olur. Sempatik sistemde primer olarak, bedeni herhangi bir kavgaya hazırlamak amacıyla organların fonksiyonlarını uyarmaktadır. Aynı zamanda organlara giden kan akımını da azaltır. Parasempatik sistem koruyucu olarak bilinir ve restorasyondan sorumlu olur. Vücutta aynı zamanda istemsiz hareketleri gerçekleştirir.
Otonom sinir sisteminin bölümleri
Parasempatik sistem: Bu sinir sistemindeki sinir hücreleri kranyal sinir nukleuslarında, sakral bölgede de S2, S3 ile S4 nukleusta bulunur. Bu primer sinir hücreleri inerve ettikleri organların içindeki effektörler ile sinaps yaparlar. Sistemdeki primer nöronal, sekonder yoldan daha uzundur. Parasempatik sinir sisteminin devreye girmesi vücut hareketsiz olduğunda gerçekleşir. Sinir kas kavşağında aktif olduğu bu dönemde kasın uyarıyı alabilmesi için, Ach salgılanmaktadır. Bu salgı kastaki nikotinle birleşerek, uyarıyı aktifleştirecek olayları tetiklemektedir. Bu sayede kasın uyarılması gerçekleşir. Vücutta yavaşlatıcı etkisi olan bir sistemdir. Kalp atış hızını düşürür, kan basıncını ve kan şekerini de düşürür. Göz bebeğini küçülterek, idrar kesesini daraltır. Akciğerdeki alveolleri daraltır. Sindirim sistemi üzerinde ise, tam tersi olarak işlevlere hızlılık kazandırır. Mesela tükürük salgısının artması gibi.
Sempatik sistem: Bu sinir sisteminin preganlionik nöronları T1 den başlayarak, L3 e kadar uzanan spinal kordun gri cevherinde olur. Bu sistem vücudun gerilime hazırlanmasını sağlar. Bu nedenle kişinin stresli olduğu bir durumda aktif haldedir. Sempatik sistemin sinir hücreleri yani nöronlar medulla spinalis içinde torakal ve lumbal bölgede yan boynuzlarda yer alır. Buradan çıkan sempatik sinirler, spinal sinir içine ilave olur. Buradan birleştirici dalla birlikte trunkus sempatikusa geçiş yaparlar. Burası vertabral kanalın her iki tarafına yerleşen uzun ve zincir biçiminde dizili sempatik ganglionlardan meydana gelmiştir.
Otonom sinir sisteminin her bölümü farklı bir anatomik düzenlemeye sahiptir. Sistemin motor sinir hücreleri santral sinir sistemi dışındadır. Bu sistemin aynı zamanda visseral refleksleri düzenlemek için, duysal sinir hücreleri de bulunur. Bazıları medulla spinalise girer, aynı zamanda bir dalı da otonom gangliyonlara da girerler. Sinaps alanları da somatik sisteme göre farklılık gösterir. Burada pre ve post sinaptik alanlar olmaz. Bu yüzde daha az sayıda lif organlarda difüz aktiviteye neden olur.